Interfejs programu Global Mapper został zaprojektowany w taki sposób, aby zapewnić łatwy i intuicyjny dostęp do wszystkich właściwości i funkcji oprogramowania. Kluczowymi elementami interfejsu są: paski menu, paski narzędzi, paski stanu oraz główne okno mapy. Wiele okien dialogowych umożliwia korzystanie z dodatkowych narzędzi lub bardziej zaawansowanych funkcji.

Menu Menu w programie Global Mapper zostało stworzone, tak aby użytkownik działał w sposób intuicyjny oraz posiadał dostęp do wszystkich właściwości i funkcji w aplikacji. Należy pamiętać, że podobnie jak w przypadku innych programów tak i w Global Mapper, często istnieje wiele sposobów dostępu do danej funkcji. Na przykład operacja importowania warstwy, w zależności od preferencji użytkownika, może być wykonywana za pomocą: opcji Otwórz plik danych w menu Plik, przycisku Otwórz plik danych na Pasku narzędzi skrótu klawiszowego Ctrl + O. Poniżej znajduje się zestawienie podstawowych funkcji poszczególnych menu:

• Plik
  Menu Plik zawiera wszystkie opcje potrzebne do importowania, eksportowania i zapisywania danych. Posiada również listę ostatnio importowanych plików, zapewniając wygodny dostęp do często używanych warstw.
• Edycja
  Z poziomu menu Edycja dostępne jest kopiowanie i wklejanie obiektów oraz kontrolowanie powiązanych opcji.
• Widok
  Menu Widok zawiera szereg ustawień wykorzystywanych do konfiguracji wyglądu interfejsu oraz mapy. Istnieją również możliwości ręcznej regulacji poziomu powiększenia oraz zapisywania i odtwarzania określonego widoku mapy.
• Narzędzia
  Jak sama nazwa wskazuje, menu Narzędzia zawiera zestaw narzędzi, które są wykorzystywane do interaktywnego tworzenia i edytowania obiektów na mapie. W zależności od wybranego narzędzia zmienia się funkcja kursora na mapie. Menu to zapewnia również dostęp do niektórych innych okien dialogowych, takich jak Menadżer warstw, czy Konfiguruj układ mapy.
• Analiza
  Stosunkowo nowy dodatek do programu, menu Analiza gromadzi wiele funkcji analitycznych w postaci wygodnej listy. Po wczytaniu danych wysokościowych można wykonywać wiele zróżnicowanych procesów analizy terenu, takich jak generowanie izolinii oraz wyznaczanie działów wodnych.
• Szukaj
  Menu Szukaj oferuje kilka opcji wyszukiwania i edytowania atrybutów obiektów. Istniej również możliwość stosowania funkcji wyszukiwania adresów, która zawiera opcję geokodowania.
• GPS
  Z poziomu menu GPS możliwe jest kontrolowanie konfiguracji i interakcji pomiędzy programem Global Mapper, a urządzeniem GPS. Istnieje możliwość wyświetlania pozycji na mapie poprzez podłączenie kompatybilnego odbiornika GPS do komputera.
• Pomoc
  Menu Pomoc zapewnia dostęp do różnych opcji pomocy i innych zasobów, które są dostępne
  w aplikacji Global Mapper.

Poszczególne ikony na pasku narzędzi programu Global Mapper oferują najbardziej wygodny sposób na: wybieranie narzędzi, otwieranie niektórych okien dialogowych lub przełączanie pomiędzy funkcjami. Grupy ikon oznaczone linią podziału, jeśli to konieczne, mogą zostać usunięte z paska narzędzi za pomocą opcji Pasek narzędzi w menu Widok oraz mogą być wyświetlane w postaci pływających okien lub przeniesione w inne miejsce na pasku narzędzi.

	Ikona Otwórz plik danych wykorzystywana jest do inicjowania importu danych w dowolnym obsługiwanym formacie.
	Ikona Zapisz obszar roboczy zapisuje zaimportowane dane, utworzone obiekty oraz ustawienia do pliku obszaru roboczego.
	Opcja Pobierz dane online oferuje dostęp do bogatych źródeł internetowych takich jak WMS i WFS.
	Narzędzie Konfiguruj układ mapy jest używane do dodawania elementów kartograficznych takich jak skala, legenda, róża kierunków do mapy.
	Poprzez Menadżera warstw można zarządzać wczytanymi warstwami danych.
	Kliknięcie ikony Konfiguruj otwiera okno konfiguracji, które stosowane jest w celu ustalenia licznych ustawień programu.
	Powiększenie jest używane, aby powiększyć do wybranej lokalizacji na mapie.
	Narzędzie Chwyć i przeciągnij zezwala na przeciągnięcie mapy i wycentrowanie jej w innej pozycji.
	Pomiar tymczasowo zmienia wskaźnik w przyrząd mierniczy, który może być wykorzystany do określania długości i pola powierzchni.
	Opcja Informacje o obiekcie jest wykorzystywana do podglądu danych atrybutów oraz innych informacji o wybranym obiekcie.
	Profil ścieżki 3D jest wykorzystywany do tworzenia linii na powierzchni terenu w celu wygenerowania przekroju profilu.
	Ikona Widoczność jest używana w celu zaznaczania punktu na mapie, z którego należy wykonać analizę pola widzenia.
	Digitizer kontroluje tworzenie i edytowanie obiektów wektorowych: linii, punktów, obszarów na mapie.
	Przesuń obraz zezwala na przesunięcie warstw rastrowych w celu odkrycia innych, poniżej leżących warstw.
	Ikona Uruchom ulubione inicjuje funkcję wybraną z Listy ulubionych.